Perbedaan antara merger dan pengambilalihan terkait dengan cara di mana dua perusahaan bergabung menjadi satu badan hukum tunggal dan pendapat para direktur perusahaan yang terlibat.
Dalam merger, dua atau lebih perusahaan, biasanya dengan ukuran yang sama, bergabung untuk maju dalam bisnis sebagai satu perusahaan. Ini mungkin bermanfaat jika kedua perusahaan menjual produk serupa dan memutuskan akan lebih baik untuk bekerja sama daripada dalam persaingan, atau jika bisnis saling melengkapi. Satu perusahaan, yang dikenal sebagai perusahaan yang bertahan, mengakuisisi saham dan aset perusahaan lain dengan persetujuan dari direksi dan pemegang saham perusahaan tersebut. Yang lain tidak lagi ada sebagai badan hukum independen. Pemegang saham di perusahaan yang hilang diberikan saham di perusahaan yang masih hidup.
Namun, dalam pengambilalihan yang bermusuhan, direktur perusahaan target tidak setuju dengan direktur perusahaan yang mengakuisisi. Dalam kasus seperti itu, perusahaan yang mengakuisisi dapat menawarkan untuk membayar pemegang saham perusahaan target untuk saham mereka dalam apa yang dikenal sebagai penawaran tender. Jika cukup banyak saham yang dibeli, perusahaan yang mengakuisisi kemudian dapat menyetujui merger atau hanya menunjuk direktur dan pejabat sendiri yang menjalankan perusahaan target sebagai anak perusahaan.
Pengambilalihan yang tidak bersahabat juga bisa dicapai dengan pertarungan proxy. Perusahaan yang mengakuisisi memperoleh otorisasi dari pemegang saham perusahaan target untuk mewakili suara mereka melalui proxy. Dengan otoritas proxy, perusahaan yang mengakuisisi pada dasarnya menjadi pemegang saham mayoritas perusahaan target, memungkinkannya untuk menyetujui merger.