Ketika prinsipal dari perusahaan S membayar uang ke dalam bisnis, ada konsekuensi pajak yang sangat berbeda tergantung pada apakah pembayaran dianggap pinjaman atau diklasifikasikan sebagai kontribusi tambahan dari modal disetor. Pembayaran pinjaman dari korporasi S kepada prinsipal pada umumnya tidak dianggap sebagai penghasilan pokok. Namun, jika pembayaran awal dianggap sebagai tambahan modal disetor, pembayaran selanjutnya kepada kepala sekolah dapat dianggap sebagai pembagian dividen atau upah, yang kemudian dikenakan pajak kepada kepala sekolah dan bahkan mungkin termasuk pajak wirausaha.
Agar pembayaran pokok kepada perusahaan S diperlakukan dengan benar sebagai pinjaman, Internal Revenue Service, atau IRS, mensyaratkan adanya perjanjian utang yang bonafid antara Perusahaan S dan prinsipal. Jika tidak ada perjanjian seperti itu, pinjaman dapat dianggap sebagai tambahan modal disetor oleh IRS. Unsur-unsur perjanjian utang yang bonafide mencakup hal-hal seperti:
1) Perjanjian tertulis atau surat promes antara korporasi S dan prinsipal
2) Tingkat bunga yang wajar yang dibebankan pada pinjaman
3) Beberapa jenis keamanan untuk pinjaman
4) Jadwal pembayaran untuk pinjaman
Tema menyeluruh dalam penentuan ini adalah perjanjian pinjaman yang benar harus diletakkan di mana pemberi pinjaman, yang dalam hal ini juga merupakan pelaku, memiliki semua perlindungan normal dari pemberi pinjaman luar. Jika perlindungan semacam itu tidak ada, dana dapat dianggap "berisiko". Ini sama dengan investasi atau kontribusi lainnya ke perusahaan bisnis. Dari perspektif korporasi S, penerimaan dana pokok hanya boleh diklasifikasikan sebagai utang jika ada perjanjian utang yang sebenarnya. Jika tidak, dana yang diterima harus, secara default, dicatat sebagai tambahan modal disetor.
Karena korporasi S adalah entitas yang mengalir melalui, dampak pajak dari laba atau rugi bersih bisnis diakui pada pengembalian pajak individu dari prinsipal. Prinsipal bertanggung jawab untuk melacak basis stok pribadi dan basis hutang dalam bisnis. Kerugian pass-through korporasi hanya dapat dikurangkan hingga jumlah basis yang dimiliki oleh masing-masing pelaku. Sebaliknya, pendapatan pass-through perusahaan S yang melebihi basis dianggap sebagai penghasilan kena pajak. Walaupun korporasi S sendiri tidak bertanggung jawab untuk melacak basis stok dan basis hutang pemiliknya, perusahaan S harus tetap dengan jelas menggambarkan kontribusi modal dari pinjaman sehingga laporan keuangan akhir tahun adalah benar. Kesalahan dalam laporan keuangan perusahaan S dapat menyebabkan K-1 yang dikeluarkan kepada pemilik saham menjadi tidak benar. Sangatlah penting bahwa ada komunikasi yang jelas antara manajemen perusahaan S dan kepala sekolah yang memberikan kontribusi atau meminjamkan uang kepada perusahaan.
