Manfaat dari strategi produksi just-in-time (JIT) didokumentasikan dengan baik, tetapi juga dapat memiliki beberapa kelemahan serius. Masalah utama dengan proses produksi ini dibuktikan atas namanya. "Tepat pada waktunya" berarti bahwa keberhasilan strategi bisnis ini sangat tergantung pada koordinasi yang tepat antara bisnis dan pemasok mereka untuk memastikan pengiriman yang cepat. Karena tidak ada penyangga inventaris, bisnis dapat sangat menderita jika salah satu elemen produksi tertunda.
Strategi produksi JIT berarti bahwa bisnis tidak menghasilkan barang untuk dijual sampai mereka dipesan oleh pelanggan, artinya persediaan rendah atau tidak ada. Walaupun inventaris yang rendah dapat bermanfaat bagi keuntungan perusahaan dalam beberapa cara, menjalankan bisnis dengan cara ini membutuhkan banyak koordinasi. Dari memperoleh bahan baku yang dibutuhkan untuk pembuatan hingga memastikan pengiriman tepat waktu, setiap aspek produksi JIT harus disinkronkan. Ini seringkali berarti bisnis harus berinvestasi dalam penerapan teknologi informasi untuk memungkinkan pemberitahuan otomatis kepada pemasok ketika pesanan diterima.
Di bawah model produksi berbasis persediaan standar, bisnis menempatkan pesanan besar untuk bahan dari grosir, dan banyak item dapat diproduksi dari satu pengiriman. Ketika produksi menipiskan pengiriman bahan baku pertama, pesanan lain dikirimkan, menciptakan waktu penyangga yang nyaman. Produksi berdasarkan permintaan berarti perusahaan harus menemukan pemasok yang bersedia memenuhi pesanan dalam jumlah kecil dan sering dalam waktu yang sangat singkat, yang sering berarti menggunakan pemasok lokal untuk mengurangi waktu dan biaya pengiriman. Tanpa persediaan atau bahan baku, masalah rantai suplai dapat menyebabkan keterlambatan pengiriman dan pelanggan yang marah. Tiba-tiba kenaikan harga barang mentah karena masalah dengan sumber bahan, kekurangan, bencana alam atau pergolakan politik (disebut kejutan pasokan) juga dapat menimbulkan ancaman serius terhadap kemampuan perusahaan untuk melayani pelanggannya secara efektif.
Karena produksi JIT sepenuhnya didasarkan pada pesanan yang ada, itu bukan sistem yang paling efisien untuk menangani hal-hal yang tidak terduga. Perusahaan yang menggunakan strategi ini mungkin tidak memiliki perlengkapan yang memadai untuk menangani lonjakan permintaan produk secara tiba-tiba. Kurangnya cadangan cadangan berarti pelanggan harus menunggu perusahaan untuk menerima persediaan dan memproduksi produk. Ini bisa berarti penundaan yang lama, pelanggan yang tidak puas dan kemungkinan kehilangan sebagian dari seluruh pesanan jika ada masalah rantai pasokan yang muncul.
Ketidakmampuan untuk memenuhi pesanan dalam jumlah besar secara tepat waktu dapat menelan biaya uang bisnis, tetapi ada biaya tersembunyi lain yang melekat dalam strategi JIT yang sama pentingnya, meskipun tidak terlalu dramatis. Memproduksi barang untuk dijual dalam jumlah yang lebih kecil berarti menghabiskan lebih sedikit per pengiriman bahan baku, tetapi pada akhirnya dapat lebih merugikan perusahaan. Bisnis yang memiliki tingkat produksi tinggi mendapat manfaat dari skala ekonomi: ketika produksi meningkat, biaya rata-rata produksi setiap item sebenarnya berkurang. Ini sebagian karena pembelian grosir besar sering kali datang dengan diskon berbasis kuantitas yang murah hati. Bisnis yang menggunakan strategi produksi JIT dapat membayar lebih banyak per item karena mereka harus membuat pesanan lebih kecil, lebih sering yang tidak memenuhi syarat untuk jenis potongan harga ini. Biaya pengiriman dan pengiriman tambahan yang menyertai pemesanan lebih sering juga dapat memiliki dampak penting pada garis bawah, serta pada lingkungan.